壳寡糖在农业生产应用中，不仅能使作物长势好,植株健壮，光合作用增强，而且在抗逆性、抗病虫害方面也表现出明显效果，所以有稳定而显著的增收效果。
在农业方面，利用壳寡糖为原料，科研人员采用现代生物酶解技术分解、提取并添加多种微量元素(植物生长所必需)精制而成的肥料，因其在农业方面所取得的良好效果，被人们誉为“植物疫苗”。此外，壳寡糖对作物品质的改善和食品营养价值和经济价值的提高有较大的意义。
另一方面，壳寡糖可作为植物生长调节剂，提高作物产量，还可作为土壤改良剂等。尤其是其在抑制植物病害方面已逐渐成为人们研究的热点。大量研究表明，壳寡糖可以诱导植物产生广谱的抗性、增强植物的自身防卫能力、抑制多种植物病原微生物的生长，而且其无毒并可为微生物降解，对环境不会产生污染，这使其作为一种新型的绿色农药在农业生产中发挥重要的作用。
一. 壳寡糖对植物病害的抑制作用方式
1.1 诱导植物抗性蛋白的产生
壳寡糖及其衍生物可诱导植物产生抵御病原物质的抗性蛋白，抗性蛋白主要为植物抗毒素、几丁质酶、壳聚糖酶和 1，3一葡聚糖酶等。许多研究都表明，壳寡糖可诱导植株产生几丁质酶、壳聚糖酶和 l，3-葡聚糖酶，这些酶的底物是真菌细胞壁的主要组分，几丁质酶特别是在与1，3-葡聚糖酶的共同作用下可在体外抑制真菌的生长。壳寡糖诱导出的几丁质酶、壳聚糖酶和l，3-葡聚糖酶彼此之间还有协同效应，以致抗菌作用更为明显。
1.2 诱导木质素形成
木质素是植物维管组织次生细胞壁的主要组分，它本身抗微生物的降解。大量研究证实，壳寡糖及其衍生物可诱使植物在其受病菌侵染点周围木质化，形成一个物理屏障，从而阻止或延迟病原菌的生长和向周围正常组织扩散，增强植物的抗病力。用壳寡糖的低聚体处理小麦伤口(每个伤口用0.04 nag)结果表明，单体和二聚体几乎没有诱导木质化功能，而四、五、六聚体则有明显的诱导木质素形成的作用。同时他们的实验还证实，脱乙酰化的低聚体都无此作用，因此认为乙酰基是壳寡糖诱导木质形成所必须的基团。
1.3 改变植物的酚类代谢
人们研究天然抗体时注意到：在植物的病菌侵染点处，酚类(单宁.绿原酸等)物质大量积累。酚类是杀菌性物质，又是木质素形成的前体，所以植物体内酚类增多，不但自身可以抗病，而且还可促使病原侵染处木质化，因而使植物抗病能力增强。壳寡糖诱导的大豆细胞中酚类组成会迅速变化，如苯丙烷、香豆酸和绿原酸等都明显增加。
1.4 诱使植物产生愈创葡聚糖、增强植物细胞壁
愈创葡聚糖是一种富含 l，3-葡萄糖的多聚糖，植物受到病原侵害时，常在细胞间沉积愈创葡聚糖，从而将受菌感染的部位与正常的细胞分割开，与木质化一样，形成物理屏障。另外，壳聚糖还可以使植物的细胞壁发生改变。用壳寡糖处理番茄，当镰刀菌入侵时，番茄细胞壁显著加厚，胞间被填塞，在病菌侵入处形成大量乳头状突起，病原菌被包埋在致密的颗粒状物质中，不能进一步扩散，而且颗粒状物质中还有杀菌物质产生，这样使植物对病原菌产生了有效的抗性。
二. 壳寡糖抑制植物病害的机制
2.1 壳寡糖诱导植物产生广谱抗性的机制
植物对病害的防卫反应是由许多植物可诱导基因控制的，外界刺激(如：病菌侵入或施用壳寡糖)可导致这些基因的表达，从而在细胞内合成各种防卫蛋白来实现对病害的抗性，这些防卫蛋白包括前边提到的pr蛋白、植物抗毒素、几丁质酶、壳聚糖酶、 l，3-葡聚糖酶和木质素等。壳寡糖在植物受病虫害侵入后，可在很短时间(1h)内富集于细胞核内，与dna很强的亲和，并可改变dna的结构。当壳聚糖的侧链扭转后，能够进入dna双螺旋结构与dna骨架上的氧形成氢键，从而影响植物细胞的基因表达。这些研究均提示，壳寡糖诱导植物产生的对植物病害的广谱抗性，是其激活植物自身特定的防卫蛋白基因表达所致。
2.2 壳寡糖对植物病原菌直接抑制作用的机制
壳寡糖对许多植物病原菌的生长都有很强的直接抑制作用，主要通过下面两种机制实现：
(1)由于壳寡糖为甲壳素的多聚阳离子衍生物，所以它可与病原菌细胞表面的生物大分子带负电的侧链相互作用，形成聚合物，可影响病原菌进而抑制病原菌的生长；
(2)壳寡糖还可直接进入病原菌的细胞核，与dna结合通过影响病原菌的mrna和蛋白质的合成来抑制其生长。
三、在农业中壳寡糖的作用
壳寡糖对植物适应性广，亲和性好，无毒无副作用，对人畜无害，能够生物降解，在土壤中不板结土壤，可缓慢降解为小分子碳水化合物，对环境无公害，是一种优良的纯天然生态制剂。
3.1 促进根系生长
它能促使植物种子提前发芽。根系发达，根毛、须根、次生根数量大大增加，根乃植物之本，根际发达，会增强植物的吸肥吸水能力，增强抗旱、抗倒伏能力，增强免疫力，达到粗壮多结果之目的。
3.2 活化根际状态
壳寡糖能充分活化根际状态，溶解养分分子，迅速形成土壤溶液，使氮、磷、钾等养分能得到植物充分有效地吸收。
3.3 缩节粗壮
研究发现，壳寡糖具有调节植物发育的功能，是一种天然的植物生长调节剂，能发根促茎，使茎缩短，粗壮旺盛，有利于养分最大限度地供应果实，其中微量元素在甲壳素的螫合下，容易被果实吸收，从而增加蛋白质、氨基酸的含量，从根本上改善品质。
3.4 杀菌能力强
壳寡糖替代种衣剂，可保护种子正常发育。用于种子贮存，可减少种子处理程序，经济实惠。研究表明，壳寡糖及其降解产物对土壤、种子有极强的杀菌作用，能强烈抑制有害真菌、菌丝如霜霉菌、胞囊菌等。
3.5 改良土壤
使用壳寡糖作添加剂，可使土壤有益菌如放线菌增加1 000倍、有害菌如镰刀菌及线虫类等显著减少，增强土壤供肥能力，从根本上改良土壤，根治板结，提高土壤有机质含量，便于连作。
3.6 改善作物品质，增加产量
壳寡糖能提高作物产量，改善作物品质，并使其恢复自然风味，耐贮、耐运，同时减少农药残留量，可以通过绿色通道出口。
3.7 提高肥效
壳寡糖具有溶液粘稠、易于成膜的特性。其极强的成膜功能，能延缓肥料元素的释放，减少养分的损失而大大提高肥效，这样能从根本上解决肥料的浪费，节约资金，保护环境，有益于人类健康，壳聚糖与纤维素共混制成膜，可大大增加膜的机械强度，利用壳聚糖易于成膜的特性，可用其作种子包衣材料。
3.8 增强免疫能力
壳寡糖被誉为“植物疫苗”，可见其对作物所起的作用。壳寡糖制剂能使植物抗菌抗病毒能力增强，改变植物生长机理，增强调节系统的免疫功能，从而保证植物的正常生长发育，用壳聚糖拌种，可降低大豆根腐病的发病率和病情指数，防效达42.6％ ～46.9％ ，同时可促进大豆根系生长，单株英果数、粒数、粒重增加，增产11．7％。
四、具体应用
根据壳寡糖的多种优良特性，可开发为植物诱抗剂、生物农药、肥料、种子处理剂等。
4.1种子处理剂
可用作许多粮食、蔬菜作物种子的处理剂，用于种子处理可提高种子的发芽率，增强幼苗的抗病能力，促进作物的生长，提高作物的产量。
4.2植物病害诱抗剂
壳寡糖能调节植物基因的关闭和开放，诱导植物分泌抗性酶，这样不仅可以促进植物细胞的活化，刺激植物性生长，还可以增加对病虫害的自我防御能力，减少病原菌特别是致病真菌对植物的危害。
4.3土壤改良剂
壳寡糖能改变土壤菌群，促进有益微生物的生长，改善土壤环境，释放土壤中被固定的中微量元素，从而达到增产的目的。
4.4肥料
通过对作物进行叶面喷施和灌根、冲施等处理可有效促使根系发达，同时为根系创造良好的土壤环境，具有很好的生根、养根、保根效果。